医院污水处理设备通常采用物化+生化方法处理，主要工艺有：
絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+深度氧化(生化)+消毒---达标排放
絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+MBR(生化)+消毒--->达标排放
物化：主要是让微生物无法分解的有害沉淀，将絮凝剂、混凝剂等化学药剂加入污水，将有害物转移至污泥，通过处理污泥达到目的。
生化：是人类发现自然界水体中的微生物对有机物的分解能力，分析总结出：不同环境下的微生物能分解不同有害物，一般采用的是厌氧菌+好氧菌培养，即水解酸化和深度氧化。
医院污水处理设备工艺
1、一级处理
医院污水一级处理的典型工艺是一级沉淀加俏毒。此流程适用于污水排人市政下水道的医院，特别是一些综合医院。就我国目前的情况而言，大多数城市医院污水处理后是排人城市下水道，故通常只进行一级处理。但随着医院污水排放标准的提高，有些大城市医院也积极采用二级处理以确保处理后出水的水质。
2、二级处理
二级处理通常为生物处理，常采用的处理方法有:生物转盘法、生物接触氧化法、射流曝气法、氧化沟法、塔式生物滤池法等。这些技术均属生物氧化法，通常是利用鼓风曝气、机械曝气等，使污水中真菌等微生物大量繁殖，以吸附和氧化污水中的有机物等有害物质。二级处理工艺适用于医院污水排人地面水域的情况，可对污水的生物性污染、理化性污染及有毒有害物质进行全面处理。生物氧化法处理污水虽然出水水质较好，但会产生大量的活性污泥，需进行污泥处理，这加大了处理流程、增加了处理费用;同时，曝气会对空气造成二次污染:另外，生物处理污水停留时间较长，工艺设施占地面积较大也是其弱点。因此，多数医院逐步对原有的工艺进行改造或新建较先进的污水处理工程，以提高出水水质，使之达标排放。
3、消毒处理
医院污水消毒处理方法很多，大致可分为物理方法和化学方法两大类。物理方法有辐射法、紫外线法、加热法、冷冻法等。用物理方法对医院污水进行消毒处理，通常适用于污水量较小的情况，且其处理效果往往不如采用化学法明显，但该法有个突出的优点，即无二次污染。物理方法中较常用的是紫外线消毒法，具有快速、设备简单、维修方便、无二次污染等优点，但其不足之处在于污水前处理要求严格，处理水量较小、易被有机物干扰及无持续消毒作用。化学方法包括用卤素，臭氧、重金属离子、阳离子表面活性剂等化学药剂处理。其中，较常用的是氯化消毒法和臭氧消毒法。臭氧法杀菌效果极佳，已有100多年的历史，在西欧尤其在法国普遍采用。但臭氧制备及维护费用较高，设备不易管理;同时，由子我国的臭氧发生器性能不稳定、产生臭氧在水中易衰减等原因，故臭氧法在我国很少采用。我国应用最广泛的是氯化消毒法，八十年代常采用液氯法，该法具有处理效果稳定、设备简单、投资省、占地面积小、运转费用低等优点，但安全性较差，必须防止液氯的泄漏，以免造成人员伤亡事故;九十年代应用较多的次氯酸钠法该法处理效果稳定、设备简单、基建投资省、占地面积少、运转费用低、管理安全方便。
