国家有关标准和我国目前的经济技术条件，医院污水的处理原则是 :
第一，确保消毒灭菌效果使之达到国家污水排放标准:
第二，应考虑污水排放的排向及受纳水体和环境功能对水质的要求。医院污水处理的总工艺流程通常包括污水的预处理和污水的消毒两大部分。污水的预处理通常采用一级处理和二级处理(生化处理)。我国绝大多数医院污水处理都采用一级或二级处理，经过预处理后再进行消毒的污水一般均能达到国家环保部门和防疫部门对医院污水处理的要求。
目前，我国医院污水消毒处理主要采用投加漂白粉、液级、次级酸钠等。漂白粉消毒无法做到定比投加出水水质不稳定:次抓酸钠法很难实行自动控制，出水余氛偏高，而且次级酸钠发生器寿命短维修频繁，维修费高:液氯使用不安全。而生化处理的种类主要有:传统处理法，生物接触氧化法，AB法等。这几种方法各有利弊，各有优缺点，应根据不同的情况进行选择。
医院污水处理方法很多，大致可分为物理方法和化学方法两大类。物理方法有辐射法、紫外线法、加热法、冷冻法等。用物理方法对医院污水进行消毒处理，通常适用于污水量较小的情况，且其处理效果往往不如采用化学法明显，但该法有个突出的优点，即无二次污染。物理方法中较常用的是紫外线消毒法，具有快速、设备简单、维修方便、无二次污染等优点，但其不足之处在于污水前处理要求严格，处理水量较小、易被有机物干扰及无持续消毒作用。化学方法包括用卤素，臭氧、重金属离子、阳离子表面活性剂等化学药剂处理。其中，较常用的是氯化消毒法和臭氧消毒法。臭氧法杀菌效果极佳，已有100多年的历史，在西欧尤其在法国普遍采用。但臭氧制备及维护费用较高，设备不易管理;同时，由子我国的臭氧发生器性能不稳定、产生臭氧在水中易衰减等原因，故臭氧法在我国很少采用。我国应用最广泛的是氯化消毒法，八十年代常采用液氯法，该法具有处理效果稳定、设备简单、投资省、占地面积小、运转费用低等优点，但安全性较差，必须防止液氯的泄漏，以免造成人员伤亡事故;九十年代应用较多的次氯酸钠法该法处理效果稳定、设备简单、基建投资省、占地面积少、运转费用低、管理安全方便。
