实验室污水的治理不能等同于工业污水处理,而是采用多单元处理流程系统或是有针对性地进行分类处理, 尽可能地降低处理难度, 使处理费用较低, 操作比较简单。实验室有机废水处理方法可以借鉴其它有机废水的处理。一般来说有机废水处理技术主要包括生物法和物化法。对有机物浓度高、毒性强、水质水量不稳定的实验室废水, 生物法处理效果不佳, 而物化法对此类废水的处理表现出明显的优势。实验药品回收、对实验室废弃物进行分类处理及回收循环再利用, 不仅能减小对环境的污染, 而且能减少化学药品的浪费。对高浓度实验室有机废水, 将其中的有机溶剂如醇类、酯类、有机酸、酮及醚等回收循环使用后, 再用化学方法处理; 对浓度高、毒性大且无法回收的有机废水, 需要进行集中焚烧处理。
实验室废水如不经过处理直接排放，将对周围的生态环境造成严重的影响。如实验室所用的化学试剂中的酸、碱、酚、重金属盐等物质，对环境产生严重的污染，也别是重金属污染物一般具有潜在的危害性，它对生物环境和人体健康的危害非常巨大。实验废水中残留的氰化物、六价铬、砷化物等有毒有害物质，也会对人体健康产生极大危害。而且这些污染物质有些还可以在环境中长期存在，有些可以通过食物链富集进入人体，有些在降解时还会造成二次污染。因此，使用污水处理设备对实验室污水进行处理是行之有效的办法。
