从灭菌方式上分有三种：
1、热水循环式灭菌：灭菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。
2、蒸汽式灭菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在灭菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是很均匀。
3、淋水式灭菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，灭菌过程是通过装设在灭菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能全面、快速、稳定的对锅内产品进行灭菌，特别适合软包装食品的灭菌。
种植菌种高温灭菌锅加热方式多样，根据不同需求可以设计电加热与灭菌锅一体式，也可以采用外置锅炉连接食用菌灭菌锅设备，目前两种方式都可以采用
