阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂分子链中既含阳离子链节，又含柔性好的AM链节。当阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂处理含胶体颗粒带正电荷的废水时，吸附在胶体表面上的是柔性好的AM链节。聚丙烯酰胺链节不是全部都与胶体表面接触，而是很多链节伸展到悬浮液的液相中。被吸附在胶体表面上的高分子链节段为链串，伸展到液相中的高分子链节称为链环，高分子的尾端称为链端，伸展到溶液中的链环和链端形成胶体颗粒间的桥。由于一个高分子链有很多个链串与颗粒间的桥，当高分子链中吸附的胶体颗粒多时，使胶体絮凝而发生沉降，即“架桥作用”。当阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂处理含胶体颗粒带负电荷的废水时。
阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂中的阳离子与废水中的带阴离子的胶体颗粒进行电荷中和作用，降低ζ电位，压缩扩散层。当ζ电位降低到接近零时，胶体粒子被凝聚。同时，阳离子型聚丙烯酰胺的长链产生架桥效应，使胶体絮凝。其他悬浮的颗粒也被吸附、包卷和捕集，并相互集结形成大的絮体即“中和与架桥作用”。其沉降性好，脱色力强。由于废水中的有机物或胶体的微粒表面带负电荷，因此，阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂处理效果好。
由于废水水质变化十分复杂，组成千差万别，电荷性各不相同，处理效果也不尽相同。因此，实际应用中应先了解废水水质，然后在此基础上选择合适的阳离子型聚丙烯酰胺絮凝剂，发挥聚丙烯酰胺絮凝剂的电荷中和作用与吸附架桥作用。
其处理废水的效果与其相对分子质量、阳离子度、加入量、搅拌时间等因素有关。聚丙烯酰胺是一种线型高分子聚合物，无毒，无腐蚀性，易溶于水，其水溶液与煤泥水混合后，洗煤专用聚丙烯酰胺分子链上的活性基团与煤泥水中的细颗粒表面发生吸附，在颗粒之间起连接作用，使细颗粒形成较大絮团，加快了煤泥沉淀速度。洗煤专用聚丙烯酰胺水溶液的添加是其在煤泥水处理中的关键环节，采取合适的添加方式，将有助于提高絮凝效果。
